По мнению экспертов, самой большим препятствием на пути реализации нацпроекта "Здоровье" является низкая квалификация российских медицинских работников.

По данным  академика А.Г. Чучалина, практически каждый третий диагноз ставится российскими врачами неверно. Для сравнения, в США процент врачебных ошибок составляет 3-4%, в Великобритании - 5%, во Франции - 3%.

По словам Чичалина, россияне вынуждены платить непомерно высокую цену за непрофессионализм медицинских работников. Так, из-за неправильного или несвоевременного диагноза в России умирают 12% больных пневмонией. Из-за плохой организации врачебного контроля за артериальной гипертонией Россия лидирует среди развитых стран по числу инсультов. Из-за недостатка знаний врачи первичного звена выявляют только 30% пациентов, нуждающихся в высокотехнологичной медпомощи.

Российские врачи часто не имеют представления о новых методах диагностики и лечения, лекарственных препаратах, не умеют работать с компьютером и не прилагают никаких усилий к повышению своего профессионального уровня. Не последнюю роль в этом играет низкое материальное и социальное положение медработника.

Реализация нацпроекта "Здоровье" началась с изменения финансирования здравоохранения. В течение 2006 года были повышены зарплаты педиатрам и участковым терапевтам, а также работающим с ними медсестрам. Молодым специалистам, особенно на селе, стали предоставлять кредиты на жилье.

Национальный проект уделяет повышенное внимание развитию высоких технологий: в 2005 году на это было выделено 7 миллиардов рублей, в нынешнем - 12, в будущем - 17, а к 2008 году эта статья бюджетных расходов возрастет до 22 миллиардов рублей.

Однако, несмотря на значительные затраты, по-прежнему ощущается острый недостаток врачей, умеющих работать с современной техникой, во многих больницах используются устаревшие стандарты и протоколы лечения.